استحدث فرع الفسلجة مع بداية تأسيس الكلية سنة ٢٠١٦ …ويعنى هذا الفرع بتدريس مادة الفسلجة كعلم أساسي وهو علم وظائف اعضاء الجسم، وكذلك جميع المواد التي تتبع هذا الفرع وهي الأدوية، الكيمياء العامة والكيمياء الحياتية ، تغذية الحيوان، فسلجة التناسل والامراض التناسلية الحيوانية و التلقيح الاصطناعي و غيرها. وهذه المواد الدراسية اغلبها من متطلبات تهيئة طلبة المراحل الاولى والثانية والثالثة والرابعة ليتعرفوا من خلالها على كيفية تشخيص الامراض التي تصيب الحيوانات الحقلية وكيفية علاجها.

 يضم الفرع أربعة شعب رئيسة هي الفسلجة ,الأدوية والسموم, الكيمياء الحياتية والكيمياء العامة ومن أهداف الفرع هو تعليم طلبة الطب البيطري أساسيات علوم الفسلجة والأدوية والكيمياء الحياتية والكيمياء العامة.كما يقوم الفرع بتنفيذ برامج الدراسات العليا في الماجستير والدكتوراه في الفسلجة والأدوية والسموم. ان التسهيلات التي يوفرها فرع الفسلجة والأدوية توفر البيئة البحثية الجامعية لطلبة الدراسات العليا.